O devastador terremoto de 1650 destruiu o primeiro prédio. Entre 1688 e 1699, a construção do templo atual foi realizada pelo arquiteto Juan Tomás Tuyru Túpac Inca. Foi financiado pelo bispado, pelo clero e pelo concelho municipal.
A igreja tem uma única nave sendo construída inteiramente de pedra. Tem um altar principal barroco e dourado com um frontal, tabernáculo e estantes de prata. A arquitetura é perfeitamente barroca e a planta baixa é muito solene, toda a pedra escura é amarrada com argamassa branca. A fachada é do tipo tradicional de Cusco, sendo inspirada nos moldes da catedral próxima, mas as torres têm fendas e aberturas de ventilação com flechas, cada uma delas encimada por quatro lanternas e uma capital.
A Igreja de São Pedro está localizada na Rua Cascaparo, no centro histórico da cidade. Bem em frente ao mercado de San Pedro e à praça do mesmo nome.
A Igreja de São Pedro, como parte de seu projeto interior, tem um altar principal barroco e dourado com um frontal prateado, tabernáculo e suportes prateados. Seu retábulo é notável, com quatro seções e três corredores, com dezoito colunas solomônicas, coroadas por um tabernáculo prateado com um Cordeiro Pascal no Livro dos Sete Selos.
Além do retábulo principal, tem dez retábulos laterais, finamente esculpidos em madeira e cobertos com folha de ouro.
Entre os quadros mais famosos de San Pedro estão os retratos dos fundadores da igreja. A primeira tela retrata o bispo Mollinedo em idade avançada, e a parte superior mostra seu brasão de armas. Por outro lado, entre as imagens, destaca-se a Candelária ou Virgem Purificada. As imagens da Dolorosa, San Pedro, San Pedro Nolasco, San Juan e do Senhor do Santo Sepulcro também se destacam. Visitas durante as horas de adoração.
Durante a missa, de segunda a domingo: às 7:00 e à noite às 18:00.
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