Localizada ao leste da cordilheira andina oriental, inclui parte dos departamentos de Cusco e Madre de Dios, e pode ser alcançada por via aérea (30 minutos por aeronaves leves) ou por terra (pela rota de Pucartambo, Patria, K'osñipata). O melhor é tomar os serviços organizados e autorizados de uma agência especializada.
É o único lugar no mundo onde três ecossistemas distintos estão sob proteção: a puna, uma área de grande altitude e vegetação escassa, semelhante à tundra, onde cresce um tipo de grama amarelada chamada ichu, pontilhada de lagos azuis profundos e povoada por lhamas com orelhas lisas e peludas; a floresta nublada, um mundo de mistério sempre banhado por névoas intensas e povoado por galos selvagens de um intenso e marcante urso roxo, ursos de óculos e samambaias abundantes que penduram das árvores como paredes sem fim e densas; e as áreas de floresta tropical inferior, povoadas por um número infinito de enormes jacarés negros, ariranhas ou ariranhas de rio, treze espécies diferentes de macacos e mais de mil variedades diferentes de aves (10% daquelas encontradas em qualquer parte do mundo). Nas áreas mais altas a temperatura varia de 3ºC a 6ºC, nas áreas mais baixas a média anual é de cerca de 24ºC.
A Reserva da Biosfera de Manú sempre gozou de um certo grau de proteção devido à sua localização remota e à presença de tribos indígenas. Manú é atualmente habitada por quatro grupos étnicos distintos, dois dos quais ainda isolados de qualquer contato com a civilização, em um território protegido de 1.716.295,22 hectares. O Manu é provavelmente a área protegida mais rica em espécies do mundo, cobrindo uma área com a metade do tamanho da Suíça.
A grande variação dos níveis altitudinais permite a existência de uma grande variedade de espécies e formas de plantas, com uma estimativa de 2000-5000 espécies de plantas floríferas. A título de referência, 179 espécies de orquídeas foram registradas na floresta nublada.
A grande diversidade dos ecossistemas permitiu o desenvolvimento de uma das maiores manifestações de diversidade faunística do mundo. O Parque Nacional do Manú abriga uma grande variedade de aves, mamíferos, répteis e anfíbios, assim como invertebrados. Em mamíferos, 200 espécies foram identificadas (cerca de 40% de todos os mamíferos no Peru). As aves constituem uma população extremamente importante, com uma variedade admirável que excede 1000 espécies.
As bacias dos rios Alto Madre de Dios e Manú são áreas de assentamento tradicional de vários grupos indígenas: os Matsiguenka, Yora, Yine, Harakmbut, Maschco-Piro e Amaguancas, que pertencem a diferentes famílias lingüísticas. A grande maioria deles está organizada em comunidades nativas; outros vivem em isolamento voluntário, aparentemente rejeitando todo contato com a sociedade moderna. Na região andina existem comunidades camponesas de origem quíchua.
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