El recinto, erigido en 1687, contiene en su interior un altar mayor neoclásico en el cual predomina la imagen de la Virgen de la Merced, así como una talla de San Miguel Arcángel. Asimismo allí se encuentra la capilla de fray Pedro Urraca y la tosca cruz de madera que, según los relatos, usó para huir del demonio.
Ubicado en el cruce del jirón de la Unión con el jirón Antonio Miro Quesada.
La fachada es una muestra acabada del estilo barroco churrigueresco limeño y en su parte central la imagen de la Virgen de las Mercedes aparece en una hornacina, alrededor de la cual se disponen otras. Después del terremoto de 1746 la iglesia fue parcialmente restaurada; en esa época también se reconstruyó la notable portada, que adorna el frontis con sus columnas salomónicas, que es considerada como una reliquia histórica y artística de gran calidad estética. Fue fabricada en una calidad especial de granito original de Panamá, que traían como lastre, piedra usada como peso que se colocaba en el fondo del buque, para favorecer su equilibrio, los galeones que venían a cargar minerales en el Callao. Esta portada tan fina artísticamente tallada en tres cuerpos, se construyó utilizando piedras de color gris y rosadas, formando una combinación que no se encuentra en otros templos limeños. Su única torre, iniciada en 1539, debía ser más alta pero fue rebajada a raíz del terremoto del 20 de octubre de 1687.
En el interior guarda retablos de diversos estilos y esculturas pinturas consideradas joyas del arte virreinal. El altar mayor es menos recargado que el otro completamente dorado al fuego. En la parte central destaca la efigie de Nuestra Señora de la Merced imagen que desde 1615 fue invocada como celestial protectora de la Ciudad, en 1730 el Cabildo Civil la nombró "patrona de los campos de Lima" Ver Hoteles , a raíz de su intercesión contra la esterilidad de los campos, en la República fue nombrada patrona de las Armas del Perú por el Congreso Constituyente en1823. La Virgen porta en sus manos los grilletes y escapulario de su Orden, así como un rico cetro de oro y las más altas condecoraciones militares, así como otras distinciones que demuestran la gran devoción hacia María. Esta imagen sale en procesión el día 24 de septiembre, escoltada y llevada en andas de Plata por los cadetes de las Fuerzas Armadas del Perú y numeroso público.
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