El devastador terremoto de 1650 destruyó el primer edificio. Entre 1688 y 1699 se llevó a cabo la construcción del templo actual a cargo del arquitecto fue Juan Tomás Tuyru Túpac Inca. El financiamiento corrió por cuenta del obispado, el clero y el cabildo.
Es Iglesia es de una sola nave y fue construida íntegramente en piedra. Posee un altar mayor barroco y dorado que tiene frontal, sagrario y gradillas de plata. De una arquitectura de perfecta corrección barroca y planta de gran solemnidad, toda la piedra oscura está ligada con argamasa blanca. La fachada es de tipo tradicional cuzqueño y se inspira en los cercanos moldes catedralicios, pero las torres tienen saeteras y respiraderos, rematándose cada una en cuatro linternas y un capitel.
La Iglesia de San Pedro se ubica en la calle Cascaparo, en el centro histórico de la ciudad. Justo al frente del mercado San Pedro y la plaza del mismo nombre.
La Iglesia de San Pedro, como parte de su diseño interior, posee un altar mayor barroco y dorado que tiene frontal, sagrario y gradillas de plata. Su retablo es notable, de cuatro cuerpos y tres calles, con dieciocho columnas salomónicas, teniendo por coronación de su tabernáculo, hecho de plata, un Cordero Pascual sobre el Libro de los Siete Sellos.
Además del retablo mayor cuenta con diez retablos laterales que se encuentran finamente tallados en madera y revestidos en pan de oro.
Entre los cuadros más famosos de San Pedro se encuentran los retratos de los fundadores del templo. El primer lienzo representa al Obispo Mollinedo en edad avanzada, y en la parte superior se muestra su escudo de armas. Por otra parte, entre las imágenes se destaca la Candelaria o Virgen Purificada. También destacan la imagen de la Dolorosa, San Pedro, San Pedro Nolasco, San Juan y del Señor del Santo Sepulcro. Visitas durante horas de culto.
En horas de misa, de lunes a domingo: a las 7:00 am y por las noches a las 6:00 pm.
Pasajeros felices