La primera fundación de la iglesia se efectuó el 17 de Julio de 1571, por orden del Virrey Francisco de Toledo, a iniciativa del padre provincial Jerónimo Ruiz de Portillo. En esta obra participaron alarifes de la misma iglesia, entre ellos el Padre Arquitecto Juan Ruiz.
El año 1619, la Congregación Jesuita inicia la construcción del Colegio de San Bernardo, logrando concluir la edificación, cuya característica principal fue un techo a dos aguas con armaduras de cedro, traídas desde Amaybamba.
En 1651, se da comienzo a la Capilla de Nuestra Señora de Loreto (llamada también de Indios), concluyéndose esta obra en tres años. En 1654, se empieza los trabajos de edificación de la Iglesia de la Compañía de Jesús, concluyéndose en 17 años, con participación de muchos arquitectos y alarifes.
Está ubicada dentro de la Plaza de Armas, cuando llegue a la plaza destacan dos iglesias, La catedral es la más grande y la mediana es La iglesia de la Compañia de Jesus.
La Iglesia de la Compañía de Jesús, es una iglesia jesuita construida en el palacio inca Amaruinca. En su interior, posee una sola nave donde resalta al fondo el imponente altar mayor tallado con estilo híbrido en cedro y completamente dorado con hojas de oro. Mide 21 metros de altura por 12 de ancho y en la porción central del altar se halla la imagen de la Virgen de la Inmaculada Concepción, más arriba un lienzo representando la Transfiguración de Jesús. La nave principal ostenta además un transepto que comunica con las dos capillas laterales, seis altares con diversos estilos y un púlpito totalmente dorado; hacia los costados del altar mayor se hallan otros 4 altares de cedro, tres de ellos dorados y bastante ostentosos. Vale la pena mencionar los lienzos que representan la vida del fundador de la Orden, San Ignacio de Loyola, pintados por Marcos Zapata y su ayudante Cipriano Gutiérrez.
Lunes a viernes: 08:00 a 11:00 hrs y de 13:00 a 17:00 hrs
Domingos: De 09:00 a 10:30 hrs y de 13:00 a 17:00 hrs
Costo: Ingreso con el Boleto del circuito religioso, o solo a este monumento con los siguientes montos:
Adulto parcial: S/ 10.00 - Estudiante Parcial: S/ 5.00
Pasajeros felices